除了上述保障，個別保險公司的靈活計劃更設年度自付費。投保人可選擇定額自資費用(例如HK$50,000)，當投保人自費繳付HK$50,000醫療費用後，便會由靈活計劃賠償餘下的合資格醫療費用。
年度自付費的好處，是可減輕投保人的保費，就能享用靈活計劃的保障，下表以一個40歲的投保人作為例子：
年度自付費 HK$0 | 年度自付費 HK$15,000 | 年度自付費 HK$25,000 | 年度自付費 HK$50,000 |
年費：HK$12,320 月費：HK$1,072 | 年費：HK$7,638 月費：HK$665 | 年費：HK$6,777 月費：HK$590 | 年費：HK$5,669 月費：HK$493 |
至於投保人自資的年度自付費，則有望透過團體保險的賠償抵消。舉個例子，假設投保人的靈活計劃保障海外住院費用，如投保人在旅行時遇上車禍，可經靈活計劃賠償海外住院費用；至於本應由個人支付的年度自付費，或有機會透過團體保險的賠償扣減，這樣投保人就可享高質素醫療服務，又能節省醫療費用。
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