小朋友患上「乳糖不耐症」的常見症狀是喝奶後拉肚子，但「牛奶蛋白敏感」也會引起類似症狀。前者是消化道反應，後者是免疫系統反應，必須搞清楚病因才能對症下藥。
「乳糖不耐症」是消化道反應，而「牛奶蛋白敏感」則是免疫系統反應。前者只會出現腸胃不適，後者卻容易併發哮喘、過敏性鼻炎、異位性皮膚炎等其他過敏性症狀，能夠危及生命。由於一般嬰兒配方奶粉中的牛奶蛋白質分子較大、不易消化，當未完全分解的大分子蛋白質穿過腸壁被吸收後，就有機會變成引起過敏反應的致敏原，也就是「牛奶蛋白敏感」。
有「牛奶蛋白敏感」的小朋友應避免攝取牛奶蛋白。如以母乳餵哺，媽媽也要戒除牛奶產品，因為牛奶蛋白可經母乳傳給寶寶。如果無法餵哺母乳，可嘗試「高度水解蛋白配方」（extensively hydrolysed formula）或「胺基酸配方」(amino acid formula) ，這兩種配方奶粉以酵素水解處理蛋白質，將其分子變小，可以減少過敏反應。豆奶和羊奶嬰兒配方不適合牛奶蛋白過敏兒童，因為這些產品也可能含有和牛奶相同的過敏蛋白，繼而引發過敏。
「乳糖不耐症」的小朋友，可以嘗試改喝「無乳糖配方奶粉」。這類奶粉無添加任何乳糖，有助消化系統慢慢適應，減底乳糖不耐症的症狀。大部分乳糖不耐症的小朋友，飲用無乳糖配方奶粉作為代替品約一、兩個星期，身體會慢慢適應，可以循序漸進增加普通奶類吸收。
過往曾有觀念認為特殊配方奶粉的營養成分不足，但這觀念是錯誤的。水解蛋白奶粉、胺基酸配方奶粉或是無乳糖配方奶粉均適合有需要的小朋友長期飲用。 吃母乳的小朋友如果出現「乳糖不耐症」的症狀，母親可以和醫生、營養師討論，未必需要即時停止母乳餵哺。
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